为了更好地便于客户的管控和安全性应用，一体化污水处理设备上安装有电气设备保护作用。处理设备的高电压系统软件选用计算机综合性保护控制板，完成髙压系统软件的各种保护作用（电流动速度断、过电流量、过负荷）；低压系统软件配有短路故障、过电流量、负载、接地装置等保护。
一体化污水处理设备的低压配电系统运用控制开关的过电流量保护断路器完成对低压配电线路及用电量设施的短路故障及过负荷保护，在其中变电器低压侧总闸设过流动速度断、过电流短延时、过负荷长延时及其短路故障常见故障四段保护；配电开关及电机保护电源开关设速断及过负荷长延时保护；维修开关电源、电源插座的配电设备控制回路设走电保护。
此外，一体化污水处理设备上的变电器低压侧受电总闸还设定有低压保护作用，即当变电器低压侧失电后全自动断电。而这种电气设备保护作用的设定，让处理设备的运作更为平稳安全性了。
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